Como transferir seus pacotes R instalados durante a formatação

tranferindo imagensRecentemente, resolvi formatar meu computador. Fiz backup dos arquivos comuns (documentos de texto, videos, musicas). Também salvei a lista de favoritos do firefox e senhas memorizadas, pois queria após a formatação colocar todas as coisas no lugar. Salvar meus R scripts foi fácil já que mantenho uma pasta exclusiva para salvar arquivos “.R” “.RData”, etc. No entanto a dúvida surgiu quando pensei em uma forma de listar os pacotes que tenho instalados e automaticamente reinstalá-los após a formatação. Com buscas na internet e principalmente com a ajuda dos membros da comunidade brasileria do R R-br (clique no link para ver a discussão), consegui atingir meus objetivos e decidir compartilhar aqui no blog .

Eu possuía um sistema dual boot (windows7/Ubuntu 14.04) o qual formatei para Debian Jessie. Os comandos abaixo foram assim utilizados para Ubuntu e Debian.

Dicas iniciais

Se você irá fazer uma formatação semelhante, recomendo criar durante a formatação uma partição no hd para instalar o novo sistema e outra partição para a pasta “home”. Desta forma caso haja a necessidade de uma nova formatação,você necessitará formatar somente a partição onde encontra-se o sistema. Então vamos aos comandos.

Passo 1: Fazer o backup dos pacotes intalados (ANTES DA FORMATAÇÃO)

Faça as devidas alterações conforme seu sistema ( altere o caminhopara o diretório onde será salvo o arquivo .rda)

Substitua file=”insira caminho para o diretorio onde será salvo o arquivo)

tmp = installed.packages() 
installedpackages = as.vector(tmp[is.na(tmp[,"Priority"]), 1]) 
save(installedpackages, file="/media/fernando/SINERGIA/Backup Ubuntu/installed_packages.rda") 

Uma vez salvo o arquivo “installed_packages.rda”, você pode formatar seu computador (Se todos os demais documentos ja tiverem sido salvos, claro!).

Após  a formatação instale o software R utilizando o terminal (Debian e Distros baseadas).

sudo apt-get install r-base

Usuários windows instale utilizando os assistentes de instalação fornecidos pelo programa.

Passo 2: Criar uma biblioteca pessoal

Antes de restaurar os pacotes R utilizados é interessante criar uma biblioteca particular onde possamos guardar os arquivos dos pacotes que viermos a instalar, separando desta forma da biblioteca padrão do R, onde ficará instalados somente os pacotes básicos do R.  Este procedimento é vantajoso pois, caso você necessite remover a versão do software R instalada no futuro ( formatação, atualização. etc) você não precisará criar esta lista novamente. Vou deixar aqui o link do Fernando Mayer, para uma maior discussão sobre o assunto. Os passos para esta criação são os seguintes:

Crie um diretório na pasta Home (usuário linux)

#diretorio da nova biblioteca (usuários linux somente)
mkdir /home/nomeusuario/R/library 

Crie um arquivo utilizando um editor de texto (kwrite, bloco de notas, Gedit, etc) e salve no diretório home com o nome “.Renviron” (com um ponto antes do nome, este arquivo ficará invisível na pasta home). Insira neste documento a seguinte linha e salve o documento.

R_LIBS=/home/nomeusuario/R/library

Abra o R e digite o seguinte comando para verificar a inclusão do novo diretório. O diretório padrão do R e o novo diretório devem aparecer como resultado, indicando que seu sistema está pronto para receber novos pacotes.


.libPaths()

Saída

"/home/nomeusuario/R/library" "/usr/local/lib64/R/library"

Passo 3: Restaure os pacotes R

Para restaurar os pacotes no R  digite a área de trabalho do R o seguinte comando, substituindo na função “load” o endereço do diretório onde você salvou o arquivo “installed_packages.rda”, antes da formatação.

load("/media/<span class="bold highlight search-highlight">fernando</span>/SINERGIA/Backup
Ubuntu/installed_packages.rda")

for (count in 1:length(installedpackages))
install.packages(installedpackages[count])

Usuários Windows (Não testado!)

Como não possuo mais o sistema Windows, não fui capaz de testar o comando abaixo. O comando  pode ser utilizado por usuários de qualquer sistema uma vez que utiliza funções do R somente (Postem aqui se funcionarem para vocês)

Crie  um diretório na pasta  meus documentos

Na área de trabalho do R insira os seguintes comandos, com as devidas alterações (caminho para o diretório criado).


.libPaths( c( .libPaths(), "C:/Usuario/eu/Documentos/minha_R_biblioteca"))

.libPaths()

Após este comando, você deverá ver o caminho para o diretório padrão do R e para o novo diretório criado. A partir de então todos os pacotes baixados será instalado no novo diretório.

Após esta etapa restaure os pacotes da velha instalação conforme passo 3.

Até a próxima!

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