Curso Análise de Delineamento Experimental com o Software R

Pessoal,

No mês de março estarei ofertando o curso de análise de experimentos com o software R na Escola de Veterinária da UFMG. É uma grande oportunidade para aprender esta que é uma das principais linguagens utilizadas por analistas de dados em todo o mundo.

Peço me que ajudem a divulgar.

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PRINCIPAIS IDE’S para R

programming

         Editores são programas de computadores que permitem criar e modificar textos planos. Como exemplo, podemos citar Notepad, Gedit, Vim, Emacs, entre outros .

          O R oferece um simples editor por padrão (Vi no Linux e Notepad no Windows) que permite ao usuário criar um documento de texto onde poderá escrever comandos, editá-los, enviá-los para processamento no console e salvá-los para uso posterior ou compartilhamento.

         Editores têm a vantagem de serem leves e de fácil aprendizagem, porém possuem como desvantagens ausência de ferramentas que tornem o trabalho do programador mais eficiente e agradável. Para esse fim, foram criados os Ambientes de Desenvolvimento Integrados (no inglês IDE’s). O IDE é um software que integra ferramentas e características com o objetivo de fornecer apoio ao desenvolvimento dos softwares. O IDE ajuda entre outras coisas a depurar o código, gerenciar  e configurar projetos, controlar versão, atualizar pacotes, visualizar gráficos, indentar códigos, facilitar acesso a documentação, gerar relatórios, entre outros.

      No mundo R existem diversos IDE’s desenvolvidos com diferentes filosofias e objetivos. A existência desta variedade é importante, pois permite ao usuário encontrar um IDE que ajuste a sua maneira de pensar e ver o mundo, elevando a sua produtividade. Por isso, a escolha do editor é uma questão pessoal. O melhor editor deve ser aquele que torne mais eficiente a realização do trabalho e que não roube o papel de protagonista das ideias.

          No post de hoje apresento uma lista com os principais IDE’s existentes para R com os links para suas respectivas páginas. Alguns IDE’s R-Dedicados oferecem toda a sua funcionalidade em um único software e outros de uso mais geral, necessitam da instalação de plugins que o capacitem a trabalhar com a linguagem R.

links para  discussão sobre o tema:

http://nbcgib.uesc.br/lec/llec/avale-es/editor-gui-ide

https://www.kdnuggets.com/polls/2011/r-gui-used.html

Editores dedicados ao R

Editores de uso geral

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Nova Versão R liberada

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O R team anunciou no último dia 21/04 a última versão do R codinome “You stupid Darkness”. Esta versão tem focado em melhoria da performance do R. Você pode acompanhar as principais mudanças aqui.  Atualização para a nova versão pode ser feitas conforme dicas já postadas aqui.

Mais informações podem ser encontradas aqui

Até a próxima dica.

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Medindo Área de Olho de lombo por imagens digitais – Integrando ImageJ e R

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A área do músculo Longissimus dorsi (Área de olho de lombo, AOL), é um importante indicador da qualidade e composição dos cortes da carcaça, sendo muita utilizada nos processos de seleção genética e avaliação de planos nutricionais e manejo. A medida da AOL pode ser realizada por diferentes métodos, sendo o ultrassonográfico, geométrico e grade  os mais comuns.

É possível medir a AOL através de fotografias digitais do corte, através  do processamento de imagens digitais (PID). Esse método apresenta características do método grade e ultrassonográfico e possui vantagens relacionados a acurácia, redução de erros relacionados ao desenho ou contagem de pontos internos e da borda (método grade), baixo custo, repetibilidade de leitura.

No post de hoje vou mostrar como medir a AOL através de processamento de imagens utilizando o software ImageJ e o editor Bio7, para posterior análise no R.

O software ImageJ é uma poderosa ferramenta Open Source e gratuita, desenvolvida para análise de imagens científicas digitais. Com essa ferramenta é possível medir a área ,distância ,ângulos, contagens, além dos processamentos comuns como transformações geométricas (mudanças de escla, rotações e giros), zoom, histrogramas, processamento de cores , etc.

Bio7 é um ambiente de desenvolvimento integrado, baseado no famoso editor Eclipse (muito comum entre desenvolvedores Java), que oferece uma série de ferramentas para desenvolvimento de modelos, análise de imagens científicas e análise estatística no R. é possível como o Bio7 integrar consoles R, Python, Java, Groovy, Jython, BeanShell, criar e visualizar modelso 3d OpenGL entre outros.  Ademais as características citada, a que nos interessa para o post de hoje é a possibilidade de transferir os resultados das análises realizadas como o software imageJ para o R diretamente através do Bio7. Essa possibilidade torna a experiência de medir a AOL e analisar os resultados no R workspace, bem mais rápida e agradável.

Passos para realização da análise

  1. Preparo das Imagens

Ao retirar as fotografias alguns cuidados são necessários para que as medidas da AOL realizadas na fotografia sejam fiéis as medidas tomadas no objeto real.  As principais medidas a serem tomadas são:

  •  Evitar fotos tremidas, desfocadas  ou muito distantes do objeto a ser medido
  • A câmera deve estar em linha reta (Formar um ângulo de 90º) com a AOL a ser fotografada. Evite angulações entre a linha da câmera e a face do músculo.
  • fotografia
  • Um objeto de comprimento conhecido deve compor a foto e deve ser colocado no mesmo plano (mesma distância da câmera que o objeto a ser fotografado) da AOL a ser fotografaca. Esse objeto pode ser uma régua ou qualquer outro objeto cuja dimensão seja conhecida. Nas imagens abaixo a foto da esquerda está incorreta, pois o objeto de dimensão conhecida (fita verde) e o objeto a ser analisado (AOL) não encontram-se a mesma distância da câmera fotográfica. A fotografia da direita está correta, pois o objeto de dimensão conhecida e a AOL encontram-se a mesma distância da câmera.

    2. Instale o Bio7

  • Baixe o Bio7: http://bio7.org/
  • Descompacte (extraia) o arquivo Bio7 no diretório de sua escolha
  • Clique no arquivo executável Bio7 (o programa ja está compilado e pronto para execução)

link para o vídeo com instruções: https://www.dropbox.com/s/puh6h3dmkwx1k0p/bio7a.mp4?dl=0

3. Instale o ImageJ

4. Instale o R package  {Rserve}

install.packages ("Rserve")

5. Obtendo a medida da AOL

Para medir a AOL siga os passos do vídeo que preparei:

https://www.dropbox.com/s/irprczod0a9g7ka/AOL4.mp4?dl=0

No vídeo utilizo imagens da AOL de diferentes espécies (suíno, bovino e caprino) para mostrar a dinâmica da realização. As imagens foram retiradas aleatoriamente da internet e atendem aos requerimentos necessários para análise. Porém  não disponho das medidas obtidas por outros métodos (grade, ultrassom) para comparação. Procedimento semelhante no entanto foi avaliado por Ferreira et al (2012), porém esses autores avaliaram o desenho escaneado da AOL sobre papel milimetrado e análise em software de processamento de imagens e compararam com outros métodos (Grade e Geométrico) encontraram alta acurácia e precisão das estimativas da AOL sendo por isso recomendado.  No método proposto nesse post a medida é tomada diretamente sobre a imagem da AOL, eliminando as etapas de desenho e escaneamento, reduzindo a chance de erros, aumentando a praticidade e rapidez das medidas.

basicamente o processo constitui de 4 partes

  1.  Abrir o modo ImageJ do Bio7 e importar a imagem a ser analisada
  2. Ajustar a escala de análise do ImageJ, informando o tamanho real do objeto de tamanho conhecido que compõe a imagem
  3.  Selecionar a área da imagem que deseja ser medido e ordenar ao software que obtenha a área
  4. Transferir o resultado para o workspace do R para análise

Espero que tenham gostado.

Até a próxima dica.

 

 

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R 3.3.3 (“Another Canoe”) liberada

364b69eeee7c69f38a1a46653d243cdeNova atualização do software R 3.3.3  codenome “Another Canoe” foi liberada.  Vocês podem atualizar  aqui.

Informações sobre mudanças nesta última atualização podem ser vistas aqui.

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Nova versão do R Liberada

O CcharliebrownRAN recentemente anunciou o lançamento da última atualização do R 3.3.2 sobre o codenome “Sincere Pumpkin Patch”. Este codenome foi inspirado pela data de liberação da atualização que coincidiu com o dia das bruxas (31/10), fazendo referência  ao vídeo de charlie brown “It’s the Great Pumpkin“.  Essa liberação não vem acompanhada de muitas modificações significativas em relação à anterior 3.3.1, as modificações podem ser vistas aqui. Atualizações para a nova versão podem ser feitas conforme as seguintes intruções

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